内容发布更新时间 : 2024/11/14 23:49:04星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。

arrow：和rectangle几乎一样，就是多了个箭头

dumbbell：在oval的基础上，在helix的边缘加上一个cylinder

skip：隐藏，该图中隐藏了6－120号氨基酸。

下面说说如何设置cartoon的一些具体细节。 比较下面的2幅图：

你会发现第一张图中sheets是平的，而当中的那个氨基酸的支链并没连接在sheet上，这是因为为了显示的漂亮，把sheet人为的抹平了。而第二张图中的sheets则表达了蛋白质的真实走向，所以氨基酸的支链也显示正常。也就是说，

如果你想表达某个局部的具体细节的时候，最好采用第二张图中的显示方式。2张图对应的命令分别是：

Pymol> set cartoon_flat_sheets, 1 Pymol> set cartoon_flat_sheets, 0 类似的命令对应于loop，就不举例子了： Pymol> set cartoon_smooth_loops, 1 Pymol> set cartoon_smooth_loops, 0 下面再说说cartoon尺寸。 Helix的厚度和宽度：

Pymol> set cartoon_oval_width, 0.2 Pymol> set cartoon_oval_length, 1.5 sheet的厚度和宽度：

Pymol> set cartoon_rect_width, 0.5 Pymol> set cartoon_rect_length, 1.5 loop的半径：

Pymol> set cartoon_loop_radius, 0.2 如果你设置了cartoon的显示风格为fancy Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1 Pymol> set cartoon_fancy_sheets, 1

这样你得到的helix的边上会带有一个很细的cylinder，也就是上面几张图中的显示方式。此时设置helix的厚度，宽度，以及这个cylinder的半径分别是： Pymol> set cartoon_dumbbell_width, 0.1 Pymol> set cartoon_dumbbell_length, 2 Pymol> set cartoon_dumbbell, 0.2

依此类推，还可以设置和putty，tube等等显示类型相关的尺寸，就不一一类举了。

最后再加几个还用的着的命令吧： 上色：

Pymol> set cartoon_color, green

竟然还可以refine，呵呵，逗号后面可以接数字，好像1－20都可以，数字越大优化的越大，感觉的确能变漂亮点： Pymol> set cartoon_refine, 20 设置透明：

Pymol> set cartoon_transparency, 0.5

关于cartoon还有些命令，感觉不怎么常用，有些我也不知道是干什么的。有兴趣再研究吧。

PyMOL用法（教程四）

关于label

在显示一个蛋白结构的某个细节的时候，常常会需要给某些重要的氨基酸打上标签，这就需要用到label命令。

label的命令格式如下：

Pymol> label [selection, [expression]] selection当然就是你要加标签的对象，expression就是标签的内容，可选的有：name, resn, resi, chain等等。你也可以组合使用它们。expression也可以是你自定义的一段内容，这时候只要把内容用引号包含起来就行： Pymol> label selection, \

在下面这个例子中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucose的binding pocket标注出来：

首先说明一下，该pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。 Pymol> load glucosyltransferase.pdb, tmp Pymol> extract upg, chain b Pymol> extract pro, chain a Pymol> delete tmp

Pymol> select near, pro within 4.5 of upg Pymol> hide all

Pymol> show sticks, upg Pymol> show lines, near

Pymol> label near, (\设定显示格式。