内容发布更新时间 : 2024/11/14 11:35:44星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。

上面的图看起来有点乱，因为默认Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来顺眼点，需要一点加工。

在这之前，让我们先看一下关于label的其他设置：

投影模式，可选值0（无投影），1（object有投影到label上，但是label本身无投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本身有投影）: Pymol> set label_shadow_mode, 3 文字颜色：

Pymol> set label_color, color-name, selection

标签文字的轮廓的颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了可能： Pymol> set label_outline_color, [color-name, [selection]] 字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。15号和16号字体是unicode的： Pymol> set label_font_id, 5

字体大小，如果为正值，则单位就是正常的px。你也可以用负值，则单位是?： Pymol> set label_size, -0.5 Pymol> set label_size, 4 设置label位置，用下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值，在需要给spheres加标签的时候有用：

Pymol> set label_position, (x,y,z) 最后说说怎样用单个字母标注氨基酸。 首先在$HOME/.pymolrc中加入：

# start $HOME/.pymolrc modification

single ={'VAL':'V', 'ILE':'I', 'LEU':'L', 'GLU':'E', 'GLN':'Q', \\ 'ASP':'D', 'ASN':'N', 'HIS':'H', 'TRP':'W', 'PHE':'F', 'TYR':'Y', \\

'ARG':'R', 'LYS':'K', 'SER':'S', 'THR':'T', 'MET':'M', 'ALA':'A', \\ 'GLY':'G', 'PRO':'P', 'CYS':'C'} # end modification

用法，用single[resn]代替resn：

Pymol> label n. CG and i. 230+246, single[resn] 下面是改进过的图片：

是不是看起来好多了，下面是具体的代码，其中关于电子密度图的设置请见下一节：

Pymol> select near, resi 139+229+230+233+246+499+519+520 Pymol> as cartoon, pro

Pymol> 鼠标操作：显示near的sidechain Pymol> set_color grey1, [224,224,224] Pymol> set cartoon_color, grey1

Pymol> set cartoon_transparency, 0.3 Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1

Pymol> label n. CB and near, (\Pymol> 进入Editing模式，按住ctrl+鼠标右键移动label到合适位置 Pymol> set cartoon_transparency, 0.3 Pymol> set label_font_id, 13 Pymol> set label_size, 26 Pymol> bg_color white

Pymol> 进入measurement模式测量我们所需要的距离

Pymol> set dash_length, 0.015 Pymol> set dash_radius, 0.015 Pymol> set dash_gap, 0.6 Pymol> set dash_color, grey 在pymol中导入电子密度图

假设我们已经有了一个蛋白质的pdb文件(protein.pdb)和mtz(protein.mtz)文件，这样我们就可以用fft(Fast Fourier Transform)命令生成electron density map，以便在pymol中导入。 fft的命令格式如下：

fft HKLIN protein.mtz XYZIN protein.pdb MAPOUT 2fofc.ccp4 回车后进入fft环境，还需要指定一些参数： LABIN F1=FWT PHI=PHWT GRID SAMPLE 5 END

上诉第2句“GRID...”用来指定生成电子密度图的精细程度。默认值是3，表示生成的“网格”大小是最大分辨率的三分之一，以此类推。 回车之后电子密度图就搞定了，名字叫2fofc.ccp4

然后就可以在pymol中导入了。首先导入pdb文件glucosyltransferase.pdb，然后电子密度图：

首先说明一下，该pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。 Pymol> load glucosyltransferase.pdb, pro Pymol> load 2fofc.ccp4

你会发现，还看不见density。打开Wizard -- Density，怎么样，看见了吧。按住ctrl键和鼠标右键可以移动density，或者点击Density Map Wizard中的\和\。 不过显示全部的density map并不是我们的目的，因为这样显的很乱，也看不到什么细节。下面的例子是仅仅显示UDP-Glucose的电子密度图。 Pymol> remove resn HOH Pymol> select upg, chain b Pymol> as cartoon, pro Pymol> as stick, upg Pymol> orient, upg

Pymol> isomesh upg-d, 2fofc, 2.0, upg, carve=1.5 Pymol> set stick_radius, 0.2

Pymol> set mesh_radius, 0.01#让电子密度图的网格细一点，好看 效果图如下：

上诉命令中，其余设置请见上一节label，和显示电子密度相关的就是isomesh了，它的用法如下：

Pymol> isomesh name, map, level [,(selection) [,buffer [,state [,carve ]]]]

? ? ? ? ? ? ?

name: 给这个mesh isosurface随便起个名字。 map: 就是刚才load的那个2fofc。 level: 轮廓值，越大轮廓越细。 selection: 要表达的对象 buffer: 没用过 state: 没用过

carve: 以selection中的任何原子为中心，半径为该值，所包含的全部原子，画出他们的density OK!搞定。