内容发布更新时间 : 2024/12/23 21:48:52星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。

原创]从零开始学GMX

学习gromacs快一个月了，感觉成长了很多，一个月前还是茫然不知所措，现在已经基本掌握了些通用步骤。感谢分子模拟论坛在这个过程中给予我的巨大帮助！可以说，没有你们就没有我的今天！（虽然我今天才刚刚能算入门）。所以，我要履行我心中的承诺，也要将我的心得详细地写下来，帮助更多的人征服入门时的恐惧和烦恼！下面我推荐从0开始的朋友们三把有力武器：tutor，flowchart，别人的心得和总结。

1.tutor（或叫实例，教程，随便吧~）就是Gromacs目录的\\share\\html\\online中的Getting Started：没有安装也可以使用，在安装文件的压缩包里，也有同样的文件。就跟着它学，依样画葫芦，马上就能找到一些感觉了。但我学这个的时候就出现了问题，一是输入demo却不能打开那个demo。后来懂点linux的师兄弄好了。好像是和编译有关吧。不过没关系，我看了以后觉得和直接用文本打开demo的效果差不多，只是一个在终端（terminal）上显示，你不用输任何命令，只要按“Enter”就能让计算机进行模拟。而要在终端上显示的内容其实就是文本上的（中间那些代码不用管的）。在“water”这部分的实例中，它只用“-v”的命令，看了命令说明就知道这个命令只是让程序运行过程的说明更加详细，而并没有让计算机进行任何的模拟。此外，ngmx也是个问题。很多人都不能使用这个命令。两个解决办法：（1）.安装libX11-dev。（2）用VMD替代.rasol用“sudo apt-get install rasmol”安装，xmgrace用“sudo apt-get install grace”安装。（我本来是连这个都不知道的??悲哀啊）直到做到Ribonuclease S-peptide才是真正的完整的一次模拟。把这个过程当作范本，同时结合我后面说两篇心得总结和流程图，反复对比他们的异同，你就能发现哪些是不可或缺的骨架哪些是有用的小技巧（有些命令的省略常令我们初学者摸不着头脑）。最后一个Protein unfolding的例子似乎没有对应的文件，tutor文件夹中的nmr1与nmr2两个文件夹也不知道是用在哪里的。（我现在还是很菜的??）

2.流程图在\\share\\html\\online中也可以看到，但那是比较简单的，还有个更详细的：http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=357&highlight=flowchart要金币下载，不过看了我推荐的资料后你自己也能总结出来，还收获更大呢！

3.别人的心得和总结论坛里就有很多，但是多未必是好事，为了花最少时间长学到最多东西，我再推荐两篇，一是happyboy的http://yuandxli.blogcn.com/diary,18895341.shtml。（happyboy看了应该很高兴吧）二是http://www.mdbbs.org/thread-3004-1-1.html。

入门时，有这三件武器就够了！将他们结合起来是最有针对性也是最速成的。当然你不能只会这些基础的东西，因为你做的东西总有自己的特定需要，这就需要到其他地方查资料：搜索，论坛，官网（www.gromacs.org），手册等（这才是真正的考验啊！）。下面说说我做自己的课题时碰到的问题。虽然都是论坛里都有解答，但是零零散散不易搜索，因此我就整理出来，供有类似模拟目的的朋友们相互借鉴。我做的是模拟酶和底物复合物的结合自由能。第一个问题是有了复合物的

pdb，怎么不能用

pdb2gmx

直接转。一般是用

http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/和

http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta。前者用的是gromacs力场来生成itp文件，后者则是用gromos力场。说到力场的选用，真是门学问。我到现在也不能确定具体的力场，好像很多都可以。暂时就是先用gromos的，因为4.0自带的立场列表中写着不推荐gromacs的力场。而其他力场则需要安装（如amber）。之后的处理有两种：一是GROMACS:Tutorial for Drug – Enzyme Complex(google下就有了，不用在论坛里花金币下，大家都是穷人啊??)中用的改pdb的办法，但是那样后面都要用pbd来处理了，而不是默认的gro文件了。另外一个是http://www.mdbbs.org/thread-49-1-1.html里说的，改gro。（itp都是一样的处理方法，放到当前文件夹就行了，前面那篇文章里写得很详细）。我现在是用gro做的，没问题。还需要说明的是，在运行第一次grompp时发现gro和top文件中包含的原子数不同。我比较了两个文件才发现，gro中的底物少了几个氢，这是在用prodrg生成gro时选择所要包含氢原子类型（所有氢，only极性氢加芳香氢，only极性氢）时引起的，我应该选第二种。后来我又在位置限制性模拟中碰到了错误：18 atom are not part of any of the T-coupling group。我的底物正好18个原子。其实这是因为我很偷懒的用了tutor中的full.mdp。里面的temperature-coupling没有定义我的底物。所以大家要做自己的东西时就要开始研究参数文件的内容和作用了。 入门后，就可以看看

sensenbobo

的博客：http://www.nkstars.org/blog/archives/sen/000669.html。还有论坛的

http://www.mdbbs.org/thread-2883-1-1.html和置顶的GROMACS命令分析讨论集锦。遇到问题要善用论坛的搜索。再进阶的，就啃啃manual吧（我是很不愿看的，但是要做点东西出来的话mdp文件参数设置和命令使用肯定要好好研究的）很多问题都是mdp设置的问题。如我碰到的PME怎么使用和设置。建议大家下个模板钻研下http://www.mdbbs.org/thread-2901-1-1.html。