内容发布更新时间 : 2025/3/24 15:04:54星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。
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细菌分类鉴定规程
细菌分类鉴定规程
杜艳、余翔、罗国升
新菌鉴定主要流程：
1、 潜在新菌的确定
拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入
或
NCBI blastN (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
EzTaxon server 2.1 (http://147.47.212.35:8080/) 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。
2、 选择标准菌株构建进化树
选择参考菌株构建三种进化树 (NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。
3、 购买标准菌株
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根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。具体信息可以在http://www.bacterio.cict.fr/ 上查找。
标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些属的所有的种，则要选择这些属的模式种，并且要选择模式种的模式菌株。2) 一个属的模式种是最重要的参照微生物，如果一个新种被认为属于这个属，就一定要与该属的模式种进行比较，而其他的种可能分类时出现错误，可能将来会被重新分类。总之，进行种、属、甚至是科的 比较研究时，都要用模式微生物，这就涉及到模式属的模式种，模式种的模式菌。
4、 表型特征实验
培养特征：菌落特征 (如菌落的形状、大小、颜色、隆起、表面状况、质地、光泽、水溶性色素等)。
细胞形态：形态 (球形、杆状、弧形、螺旋形、丝状、分枝及特殊形状)，大小，排列(单个、成对、成链或其他特殊排列方式)。
特殊的细胞结构：鞭毛 (着生位置、数量)，芽胞(形状、着生位置、是否膨大)，孢子(孢子形状、着生位置、数量、排列)，其它 (荚膜、细胞附属物为柄、丝状物、鞘、蓝细菌的异形胞、静止细胞和连鞘体等)。
超微结构：细胞壁、细胞内膜系统、放线菌抱子表面特征等。
细胞内含物：异染颗粒、聚β-羟基丁酸等类脂颗粒、硫粒、气泡、伴胞晶体等。
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染色反应：革兰氏染色、抗酸性染色。
运动性：鞭毛泳动、滑行、螺旋体运动方式，注意区别鞭毛泳动和滑动。
生长特征：生长温度、pH、盐耐受性范围。
5、 生理生化试验
营养类型：光能自养、光能异养、化能自养、化能异养及兼性营养型；
对氮源的利用能力：对蛋白质、蛋白胨、氨基酸、含氮无机盐、N2等的利用；
对碳源的利用能力：对各种单糖、双糖、多糖以及醇类、有机酸等的利用；
对生长因子的需要：对特殊维生素、氨基酸等的依赖性；
需氧性：好氧、微好氧、厌氧、兼性厌氧；
对温度及pH的适应性：最适、最低及最高生长温度及致死温度；
对渗透压的适应性：对盐浓度的耐受性或嗜盐性；
对抗生素及抑菌剂的敏感性：对抗生素、氰化钾(钠)、胆汁、弧菌抑制剂或某些染料的敏感性；
代谢产物：各种特征性代谢产物；
与宿主的关系：共生、寄生、致病性等。
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