《计算机辅助药物设计实验》教学大纲-南京廖华答案网

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内容发布更新时间 : 2024/6/24 21:44:11星期一下面是文章的全部内容请认真阅读。

《计算机辅助药物设计》实验教学大纲

实验一 5-HT3受体拮抗剂的研究——间接药物设计法

一、实验学时：2学时二、实验类型：专业三、实验目的与内容：

1. 学习Tripos工作站的使用方法； 2. 掌握SYBYL 6.9软件的使用方法； 3. 掌握间接药物设计方法。

四、实验所需仪器和试剂：Tripos工作站五、实验方法和步骤：

1. 获取药物的5-HT3受体的活性值；

2. 使用SYBYL 6.9定义药物的分子结构； 3. 定义药效基团并进行构象搜索； 4. 重叠药物低能量构象；

5. 受体映射即勾画出相应于重叠构象的包络面； 6. 根据受体拮抗剂的药效基团模型进行药物设计。

实验二 HIV-PR抑制剂的研究——CoMFA与CoMSIA法3D-QSAR研究

一、实验学时：2学时二、实验类型：专业三、实验目的与内容：

1. 学习Tripos工作站的使用方法； 2. 掌握SYBYL 6.9软件的使用方法；

3. 掌握CoMFA与CoMSIA法的3D-QSAR研究方法。四、实验所需仪器和试剂：Tripos工作站五、实验方法和步骤：

1. 获取HIV-PR抑制剂结构式与活性；

2. 使用SYBYL 6.9构建HIV-PR抑制剂结构的分子结构； 3. 对抑制剂结构进行构象搜索获得最低能量构象； 4. 重叠最低能量构象；

5. 对重叠构象进行CoMFA、CoMSIA分析，获取相关参数； 6. 用PLS方法构建参数与活性的定量构效关系模型； 7. 对模型进行分析并得出结论。

实验三 AChE抑制剂的研究与设计——QSAR研究和药物作用模型

一、实验学时：2学时二、实验类型：专业三、实验目的与内容：

1. 学习Tripos工作站的使用方法；

2. 掌握SYBYL 6.9软件的使用方法； 3. 掌握药物模型分析方法。

四、实验所需仪器和试剂：Tripos工作站五、实验方法和步骤：

1. 构建石杉醇甲的单分子状态的构象； 2. 搜索最低能量构象；

3. 推断出配基活性构象并对接于AChE的受点； 4. 搜索复合物最低能量的活性构象； 5. 计算分子构象相关的量子化学参数；

6. 用PLS方法建立量化参数与活性的定量构效关系模型； 7. 对模型进行分析。

实验四 DHFR抑制剂的研究——受体受点确定的药物设计

一、实验学时：2学时二、实验类型：专业三、实验目的与内容：

1. 学习Tripos工作站的使用方法； 2. 掌握SYBYL 6.9软件的使用方法； 3. 掌握受体受点确定的药物设计方法。四、实验所需仪器和试剂：Tripos工作站五、实验方法和步骤：

1. 获取靶酶的三维结构信息； 2. 叠加受点；

3. 以GRID程序计算得到受点的多变量特性因素； 4. 用主成分分析PCA方法解释GRID的计算结果； 5. 对PCA结果进行图形分析，得出受点结论。