内容发布更新时间 : 2024/12/23 17:22:01星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。
简介&安装
Pymol是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用Pymol来制作的。
Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。
由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载,供使用者编译。如果你和我一样,不想为此花钱的话: 1. 如果你是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。
然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块:
? C++ (gcc or g++ package name) ? Python ? OpenGL ? PNG 然后在源代码目录里面依次运行:
2. 如果你是Linux用户,首先确保以下东东已安装:
? Python ? Pmw
? OpenGL driver(我用的是NVdia) ? libpng
? Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码
$ mkdirpymol-src $ svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src
然后进入源代码目录 # cdpymol-src 开始依次编译
# python setup.py install # python setup2.py install
拷贝执行脚本到某个$PATH,安装就搞定了 # cp ./pymol /usr/bin
如果运行时得到错误信息\,那么你应该运行
# python setup2.py install pmw
如果你在使用Gentoo,请确保编译python时添加了tcl/tk支持,否则运行是会提示错误\# USE=\
好了,下面我们就可以进入Pymol的世界了。
基本的鼠标操作
里主要介绍一下Pymol的基本操作,包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。
当你打开Pymol后,你将会看到如下图所示的界面:
该界面分为2窗口,上面的外部GUI窗口(External GUI)和下面的Viewer Window。Viewer Window又分为左右两块,左边用来显示结构图像的(Viewer),右边则是一个内部GUI窗口(Internal GUI)。Viewer自身包含一个命令行(如图中左下方的PyMOL>提示符),可以用来输入Pymol命令;在Inernal GUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。External GUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意,标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在External GUI中完成,并且必须使用“Ctrl+C、Ctrl+X以及Ctrl+V”来完成,这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。 加载文件,有二种方法:
1. 在External GUI中选择File - Open 2. 使用命令行: load
例如我们现在从www.pdb.org上下载了一个离子通道蛋白的pdb文件(PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI),名字为2vl0.pdb,然后用pymol打开它: load 2vl0
该蛋白质的结构就被显示出来啦,如下图:
基本的图像操作:
是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿,那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的,而Pymol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Viewer窗口里面的,当然看起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作,来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。 先说说鼠标吧。
? ? ? ? ?
任意旋转图像: 对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。
放大/缩小图像: 对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标:向上是缩小,向下则是放大。
移动图像: 对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮,然后移动鼠标。 设定图像旋转中心: Ctrl+Shift+鼠标中键或滚轮。
移动剪切平面: Shift+鼠标右键。鼠标上下移动:调整前剪切平面(离你近的);鼠标左右移动:调整后剪切平面(离你远的)。
最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解,需要多试几次。配合下面的示意图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。
今天没时间了,明天还要出远门,就学到这里吧,用下面这个图作为结束,其实就是用cartoon的形式显示了上面的那个蛋白质,不过还比较难看。。。
By weilu