pymol做图简单教程 下载本文

内容发布更新时间 : 2024/5/27 2:38:41星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。

Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度 Setting/label/size 18调节字体的大小

Setting/edit all

cartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车) //或者输入命令Pymol>set cartoon_color white

在改氢键的线型,在dash gap length width进行调整把虚线改好看点

Stick也可以改细点

13.电子密度

1) 首先,登陆http://eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白

2) download maps

3) 选ccp4格式,generate map

4) 下载后解压,重命名为*.map.ccp4

5) 在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue

6) 选中lig,在PyMOL输入isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.6