内容发布更新时间 : 2024/5/3 3:43:01星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。

一、获取序列

将要比对的序列放到一个fasta文件中，文件内容类似如下： >gi|213627058|gb|热带爪蟾BC170657.1| Xenopus tropicalis ABO blood group (transferase A, alpha 1-3-N-acetylgalactosaminyltransferase; transferase B, alpha 1-3-galactosyltransferase), mRNA (cDNA clone MGC:197384 IMAGE:9039915), complete cds

MVAFFCSLSWYAVKDRKWDPSIQHSCEEYWFRINGQKENRLQRMLYPKPETLKPPRTDVLTVSPWLAPIVWEGSFNTEILNNQFRQKGWRVGLTTFAIKKYIRFLKPFIETAEKFFMVGLPVNYYVFTDQASNVTDLNIIVGTGRQIIILEVPSYERWQDVTMRRMQMISDVCQQRFASEVDYLVCVDVDMRFQDHVGVEILSDVFGTLHPAFFVKGRDKFTYERRPESQAYIPEDEGDFYYAGGYFGGKVEEVYKLTNHCHHAMLTDKANNIEAIWHDESYLNSYFLYNKKPTKILSPEYLWNEMDGTAFYLRKIRFIALQKNMAEVRT >gi|homo

MAEVLRTLAGKPKCHALRPMILFLIMLVLVLFGYGVLSPRSLMPGSLERGFCMAVREPDHLQRVSLPRMVYPQPKVLTPCRKDVLVVTPWLAPIVWEGTFNIDILNEQFRLQNTTIGLTVFAIKKYVAFLKLFLETAEKHFMVGHRVHYYVFTDQPAAVPRVTLGTGRQLSVLEVRAYKRWQDVSMRRMEMISDFCERRFLSEVDYLVCVDVDMEFRDHVGVEILTPLFGTLHPGFYGSSREAFTYERRPQSQAYIPKDEGDFYYLGGFFGGSVQEVQRLTRACHQAMMVDQANGIEAVWHDESHLNKYLLRHKPTKVLSPEYLWDQQLLGWPAVLRKLRFTAVPKNHQAVRNP

注意PHYLIP在DOS下运行，文件名不能超过10位，超过的会自动截留前面10位。

二、多序列比对

目前一般应用CLASTAL X进行，打开ClustalX 2.1，load sequence——save as （phylip）——Do complete alignment——获得*.Phy和*.dnd两个文件，生成的指导树文件（DND文件）可以直接用TREEVIEW打开编辑，形式上和最终生成的进化树类似，但是注意不是真正的进化树。 三、构建进化树

把文件拷贝到PHYLIP的exe文件夹目录下 1.N-J法建树

依次应用PHYLIP软件中的SEQBOOT.EXE、DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE和CONSENSE.EXE打开。具体步骤如下： (1）打开seqboot.exe

输入文件名：输入你用CLASTALX生成的PHY文件（*.phy）； 按 R； 输入1000；

Random number seed（must be odd）: 本人一般设为5； 按Y；

得到outfile（在phylip的exe文件夹内），outfile改名为2； （2）打开Dnadist.EXE(若为蛋白序列，打开PROTDIST) 输入2； 按M； 再按D； 输入1000； 按Y；

得到outfile（在phylip的exe文件夹内），改名为3；

（3）打开Neighboor.EXE 输入3； 按M；

输入1000； 按Y；

得到outfile和outtree（在phylip的exe文件夹内），改outtree为4，outfile改为402；

(4)打开consense.exe 输入402 按Y；

得到outfile和outtree（在phylip的exe文件夹内）。

2、建MP或者ML树，将上述步骤中的Dnadist改为Dnapars或者Dnaml，运行后直接得到outfile和outtree，分别改名为4和402后，用consense.exe运行402即得最后结果。

四、进化树编辑和阅读

Outtree可直接用treeview、PHYLODRAW、NJPLOT等软件打开编辑。TREEVIEW可以显示BOOTSTRAN值，序列较多（60条以上）的时候打开直接显示有明显的重叠，可以在打印预览中显示，或输出为EMF WMF图片文件看，但是序列较多时BOOTSTRAN值的显示位置比较乱，和序列名称有重叠。

PHYLODRAW的编辑功能较强，可以自由调节X、Y轴的长度。输出格式为BMP、PS格式。缺点是不能直接显示BOOTSTRAN值，包括打开TREEVIEW输出的NEX文件，而且输出的BMP文件不全，类似截屏文件，我用PHOTOSHOP进行拼接合成，添加BOOTSTRAN值和注解符号等。据说也可以将PS文件用记事本打开，改变其中的字号，然后通过ADOBE DISTRILLOR将PS转化为PDF，就可以解决问题。如果发现还有重叠，可以再次改变PS文件中的字号大小，直到合适为止。

NJPLOT可以显示BOOTSTRAN值和分值长度。但是不能调节图片X、Y轴的长度。