内容发布更新时间 : 2024/12/27 7:10:41星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。

加速旋转

可以点击Rendering>Fast Rotation Mode选择加速旋转模式，或者点击Rendering>Full Rendering Mode选择高质量图像旋转模式。

定义观察方向

点击Tranform>Set View Direction，可以选择沿[UVW]晶向或(hkl)晶面观察晶体结构。

Scrolling the Plot

在Crystalmaker中，可以对全部或部分结构进行移动，以便在较大放大倍数下观察不同部位的结构，或者把感兴趣结构移至屏幕中间。

移动整个结构 （1） 点击 键；

（2） 点击并拖动结构。

移动部分结构

（1) 选择要移动的原子； （2) 点击 键；

（3) 在选择的原子上，点击并按住鼠标左键进行拖动。

模型中的原子数范围设定

可以根据原子的位置或化学元素符号对其进行隐藏；可以对原子数范围进行精确设定； Plot Range命令可以沿晶体学x, y, z方向设定最小和最大的参与原子范围。

如何设定Plot range：

（1） 选择tranform>set range command，出现以上对话框；

（2） 输入x, y, z方向的原子范围（或者使用expand和contact按钮，沿坐标轴方向10%的进行改变）；

（3） 点击Apply。

调整原子限定范围

（1） 选择tranform>set range command； （2） 点击Live Update；

（3） 使用 键调整原子限定范围。结构会相应进行重做。

Refining the plot range

在Crystalmaker中，可以对选定原子、多面体及原子簇进行隐藏。选定一个或多个原子，请使用以下工具：

箭头工具允许选择在一个长方形的结构，点击并拖动整个选择的原子。另外，按住shift,单击原子来添加或删除它们。

多边形工具可定义不规则的选择区域。点击起点完成选择。

拉索工具定义一个随意的选择区域。有了这个工具，点击并拖动闭环围绕想选择原子

快速隐藏单个原子或多面体：

（1） 在工具面板中，点击 ；

（2） 点击想要隐藏的原子或多面体，当放开鼠标时，原子消失。

隐藏多个原子：

（1） 选择想要隐藏的原子，使用 ， ， 工具； （2） 选择Selection>Hide>Selection。

隐藏没有化学键的原子：

选择Tranform>Optimize range>Hide Stranded Atoms。所有没有显示完全的化学键的原子都会隐藏。

孤立原子簇：

（1） 选择要孤立的原子簇；

（2） 选择Selectron>Hide>Unselected Atoms；

显示隐藏原子：

选择Selection>Show All.

分子晶体

如果您正在处理一个分子晶体，您可能希望只显示完整的分子。然而，使用Set Range命令通常使边缘分子不够完整，而使用选择工作又会显得很繁琐。

优化选择范围命令

Crystalmaker的Optimize Range命令提供整理显示分子晶体的功能。

隐藏Stranded atoms

Stranded atoms是应该键合，但是由于其邻近原子隐藏或未画出，所以未显示化学键的原子。

隐藏Molecular Fragments

此命令隐藏屏幕显示范围内所有不完整的分子。

修复Molecular Fragments

此命令检查当前显示在屏幕上的原子，识别任何不完整的分子 ，然后如果需要的话，会产生额外的原子和化学键，以使所有的原始原子都显示在完整分子中。

显示分子单元

此命令显示最佳的分子晶体单元格内容。此程序搜索与单个晶胞相关的完整分子，并包括部分在晶胞外的分子，然后显示完整的单元格内容。

此命令不依赖于任何现有的各种限制或晶胞设置。连同其最佳内容，单一的单位细胞内会显示出来。

孤立单个分子

用户可以轻松的选择单个分子，并把它和结构的其它部分分开。

孤立单个分子：

(1) 在工具面板中选择箭头工具；

(2) 点击想要孤立的分子中的一个原子；

(3) 选择Selection > Hide > Other Molecules。所有不包含选定原子的分子都会隐藏。

选择整个分子：

(1) 选择想要选择分子中的一个或多个原子；

(2) 选择Selection > Select > Entire Molecule。分子中的所有原子都会显示被选择；

当用户想要相对于结构其他部分移动或旋转分子时，Select Entire Molecule命令会比较有用。

编辑单独的原子

Selection菜单中包含可以编辑单个原子或化学键外观和性能的许多功能。

改变原子颜色和样式

用户可以自定义独立占位原子的颜色和样式，这在突出结构缺陷或其它特征时会比较有用。

改变原子颜色：

(1) 选择想要改变颜色的原子；

(2) 选择Selection > Atoms > Colour；

(3) 在颜色面板中选择一个新的颜色，然后点击OK完成设置。

改变原子的样式：

(1) 选择想要改变样式的原子；

(2) 在Selection > Atoms > Style菜单中，选择一个新的原子样式。

重设自定义原子颜色或样式：

选择Selection > Atoms > Reset Custom Atoms命令。

改变原子位置坐标

在Crystalmaker中，用户可以对任何原子的位置坐标进行编辑，或者沿屏幕或晶体学坐标系定义一个偏移量。

对于晶体结构，任何对单个原子位置坐标进行的改变，在结构重算或原子范围改变后进行重设。

直接编辑原子位置坐标： (1) 选择想要编辑的原子；

(2) 选择Selection > Atoms > Edit Coordinates命令，出现对话框：

(3) 选择Direct Coordinates单选按钮，编辑单个选定原子的绝对位置坐标； 或者，选择Relative Offset单选按钮，移动选定原子或原子团； (4) 选择Fractional Coordinates单选按钮，编辑晶体学坐标； 或者，选择Orthogonal Coordinates单选按钮，编辑屏幕坐标； (5) 在x, y, z中，输入新的坐标值或偏移量值，点击OK完成设置。

改变原子类型

如果结构是分子格式，不需要编辑整个结构就可以改变选定原子的原子类型，这样就可以创建有缺陷的结构。

改变原子类型：

(1) 选择想要改变类型的原子；

(2) 选择Selection > Atoms > Change Atom Type命令，出现对话框： (3) 输入新的元素符号，Crystalmaker会自动更新标注、颜色和半径；

(4) 如果有必要，定义一个新的标注、颜色和半径，然后点击OK完成设置。

测量结构

当用户第一次展示一个新的结构时，它会在各个方向自动调整以适合图形窗口。当重设窗口时，结构也会相应重设。

定义标尺

选择Transform > Set Scale命令，在对话框中输入一个标尺。注意，如果用户重设了窗口，标尺也会改变，同时结构也会改变以适应新的窗口。

工具面板中的尺寸选项

用户也可以使用工具面板中的Zoom按钮改变尺寸。Zooming in or out会连续改变结构的尺寸。点击Zoom按钮时按住shift键，尺寸变化速度会加快。

点击工具面板上的Auto-scale按钮，目前的结构会自动调整以适应窗口。

点击Autocentre按钮，结构会自动调整到屏幕中间，但是不改变其尺寸或尺寸模式。

放大感兴趣的特定区域：

(1) 点击工具栏中的放大工具 ；

(2) 点击感兴趣特定区域的中间。结构会放大两倍，结构上被点击的部分会出现在屏幕中间。

探究配位环境 确定原子和多面体

使用 点击原子，一个“信息标签”会出现在原子旁边（如果点击多面体，信息会出现在中心原子处）。

点击 ，可以显示更多的信息。配位数和原子化学键信息会显示出来；对于多面体，其面数和定点数以及多面体体积会显示出来。

测量距离和角度

使用距离和角度工具，可以得到有关结构的定量信息。

化学键距离工具可以测量两个原子中心的三维空间距离 距离工具可以测量平面内两点的距离

化学键角度工具可以测量三维空间中三个原子之间的角度 扭转角工具可以测量四个原子之间的扭转角度

角度工具可以测量平面内三点之间的角度

矢量和平面之间的角度 在Crystalmaker中，把数据输入Calculate Angle(Tranform > Calculate Angle)，可以测量晶面和晶向之间的角度。

化学键搜索

使用化学键搜索，可以获得特定原子周围的具体信息，。

列出化学键：

(1) 选择Transform > List Bonds，出现对话框：

(2) 选择From Each Selected atom选项，列出选定原子周围的化学键；

或者，选择From element选项，列出特定原子类型所有位置周围的化学键； 或者，选择From site选项，列出特定位置周围的化学键。 (3) 从原子中心指定化学键搜索范围。 (4) 选择输出方式：

选择Full output，列出原子类型、位置坐标以及邻近原子距离等信息； 或者，选择Distance only，列出特定原子周围一定范围内的原子数； (5) 点击Search按钮搜索。

显示邻近原子团

使用Transform > Define Cluster命令，可以显示指定原子中心一定距离范围内的所有原子，以此来研究其最邻近配位环境。

注意，如果在使用多面体，并且原子团半径设置太小的话，可能会得到空白的窗口。

输出化学键数据

用户可以吧最邻近化学键距离、角度和位置坐标信息存储在化学键文件里面。这个文本文件可以使用文字编辑器进行编辑。选择File > Export > Bond Data命令，可以存储化学键文件，详见第10章。

展示自定义多面体几何

Crystalmaker允许在目标原子最大键距离的基础上，显示配位多面体。这个功能在多数情况下很好用，但只限用于径向配位团。展示非径向排列就比较困难。

另外一种告诉程序在哪里、从哪些原子建立多面体的方法，是使用Selection > Make Polyhedron命令。

Make Polyhedron命令会在已存在原子的质心生成一个新的位置，并在质心和顶点原子之间生成化学键。有了这些化学键，就可以显示多面体了。

Make polyhedron命令有众多选项。用户可以编辑质心原子的原子类型和位置标注；选择是否显示任何对称位置；选择在质心原子和顶点原子之间是否生成化学键，以及对称位置上是否也生成化学键。

使用晶面