内容发布更新时间 : 2024/5/7 18:51:29星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。
》》》PyMOL用户指南《《《 09.7.23 1) 基本的鼠标控制
鼠标的滚动轮的可当做中键使用。
下表是基本的鼠标按钮和键盘结合的操作功能：
键盘 Shift Ctrl Shift+Ctrl 2) 虚拟滚动球旋转 鼠标左键 旋转图像（虚拟滚动球rotate） 中键 在XY上移动图像（translate平移） 回到旋转起始 右键 在Z上移动图像（zoom变焦） 移动截面
虚拟滚动球
虚拟滚动球犹如在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时，好像你的手指按在了球上进行相似的操作。如果在球体外点击拖动,仅能在Z轴上做环形旋转；在球体上点击拖动就能在XY面上旋转。
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》》》PyMOL用户指南《《《 09.7.23 3) 移动截面
截面是在分子前后想象中的平面。截面外的分子部分将会被切除，从而显示出内部。在
复杂或大分子中截面非常有用。
截面示意图（hither这边的近处的，yon那边的远处的）
PYMOL的截面控制需要鼠标和键盘结合，如下图示：SHIFT+右键，当鼠标上下拖动时会调整前截面，左右拖动时调整后截面。
截面的控制
也可以对角线拖动改变截面的显示，如下图：
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对角移动截面改变可见的―wedge‖
4) 改变旋转中心点
观察分子图像时，常常需要改变旋转的中心点，快捷方式是―ctrl+shift+中键‖点击目标原子。
5) 简单回顾
至此，应该能够完成如下任务： ? 载入PDB。
? 旋转、平移、缩放图像。
? 调整前截面和后截面，以便更清楚地观察分子的切片图。 ? 改变任何感兴趣的原子为选旋转中心。
二、 命令行操作入门
此部分介绍典型常用的命令，命令语法的详细内容见《PYMOL命令》 。 PYMOL语言是事件敏感的（case-sensitive），但是前一个事件不能应用到当前的命令中，所以谨记一定要对下一个事件输入必要的命令。
1. 记录结果
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当在PYMOL上操作时，如果想记录下完成的操作步骤，可创建一个日志文件（log-file）： 语法
log_open log-file-name 例如
PyMOL> log_open log1.pml
无论是输入的还是点击的命令都会记录在log-file中。文件扩展名是―.pml‖，这样可以把文件作为脚本在新会话中打开。
输入log_close命令可以停止记录，如果不输入此命令，日志文件会一直记录存盘直到关闭PYMOL。 如果仅想保存PYMOL当前的状态而不关心操作步骤，可创建一个会话文件（session-file）。
2. 载入数据
从文件中载入PDB，命令如下 语法
load data-file-name 例如
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb
命令输入后，PYMOL会打开读取―pept.pdb‖，创建并命名相应的对象，在Viewer中显示图像并在控制板中添加对象。
默认状态下，PYMOL会在文件读取后命名对象，当然也可以重命名对象: 语法
load data-file-name,object-name 例如
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb #对象命名为―pept‖ #文件扩展名不会出现在对象名中
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb,test #对象命名为―test‖
（―#‖是注释标志，在命令行中，#后输入任何信息都不会被PYMOL读取）
上面载入文件的命令是典型的PYMOL语法。load是关键词，它要求PYMOL去执行一定的功能。data-file-name和object-name是要load的参数，这些参数告诉PYMOL载入什么文件和命名文件。一般而言，参数对关键词来说仅提供运行命令需要的信息。
3. 操控对象(manipulating object)
对象的操控既可用鼠标，也可用命令。例如，改变默认的表示形式（representation）lines到sticks，首先删除lines然后显示sticks：
语法
hide representation hide representation 例如
PyMOL>hide lines #以lines显示的对象消失 PyMOL>show sticks #以sticks显示的对象出现
其他的表示形式还有cartoon,ribbons,dots,spheres,meshes和surfaces等（见―表示形式‖）。
当用命令show时，新的表示形式出现，但原来的表示形式不消失，非常恼人，可用下面的命令解决这
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个问题： 语法
as representation 例如
PyMOL>as sticks #不论原来显示多少种表示形式，命令后只显示sticks一种
在显示有配体存在的对象时，有时显示不出配体，可通过下面方法解决： 例如
fetch 1biw #载入对象1biw，它有一个配体 as cartoon #配体存在但却没被显示
然后通过鼠标操作，点击内部GUI的S菜单 > organic > spheres，就可以看到配体了。
1) 原子选择
原子选择（atom selections）可以操控分子中一部分原子或化学键。PyMOL精于对原子或残基的选择、分组和命名。你可以只用一次选择，也可以重命名以便再次使用。例如你可以缩放（zoom）选择的―on the fly‖：
语法
zoom selection-expressions #选择原子进行缩放 例如
PyMOL>zoom resi 1-10 #resi是选择符 #选择氨基酸残基 #给出PDB序列号 #―1-10‖ 是标识符
Selection-expressions可以是单个词也可以是长复杂句。一个Object-name也可能是selection-expression。默认的selection-expression是all，即当前载入的所有原子。如果命名选择，你将能够操作它任意次。对象（object）和选择（selection）的名字可以是大小写字母（A/a到Z/z）、数字（0到9）和下划线（_），下面的字符是不可以的：
! @ # $ % ^ &* ( ) ' \首先，命名选择： 语法
select selection-name,selection-expression 例如
PyMOL>select boy007,resi 1-10 #选择残基并命名为―boy007‖ 然后使用这个名称： 语法
zoom selection-name
hide representation,selection-name show representation,selection-name 例如
PyMOL>zoom boy007
PyMOL>hide everything,boy007 PyMOL>show spheres,boy007 当创建一个selection-name后，PYMOL会在控制面板显示出，以便利用面板里的控制功能（见―PYMOL命令‖）。
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