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VASP 学习教程

太原理工大学 量子化学课题组

2012/5/25 太原

目 录

第一章 Linux命令 .......................................................................................................................... 1

1.1 常用命令 ............................................................................................................................ 1

1.1.1 浏览目录 ................................................................................................................. 1 1.1.2 浏览文件 ................................................................................................................. 1 1.1.3 目录操作 ................................................................................................................. 1 1.1.4 文件操作 ................................................................................................................. 1 1.1.5 系统信息 ................................................................................................................. 1

第二章 SSH软件使用 .................................................................................................................... 2

2.1 软件界面 ............................................................................................................................ 2 2.2 SSH transfer的应用 ........................................................................................................... 3

2.2.1 文件传输 ................................................................................................................. 3 2.2.2 简单应用 ................................................................................................................. 3

第三章 VASP的四个输入文件 ...................................................................................................... 3

3.1 INCAR ................................................................................................................................ 3 3.2 KPOINTS ............................................................................................................................ 4 3.3 POSCAR ............................................................................................................................. 4 3.4 POTCAR ............................................................................................................................. 5 第四章 实例 ..................................................................................................................................... 5

4.1 模型的构建 ........................................................................................................................ 5 4.2 VASP计算 .......................................................................................................................... 8

4.2.1 参数测试 ................................................................................................................. 8 4.2.2 晶胞优化(Cu) ....................................................................................................... 13 4.2.3 Cu(100)表面的能量 ................................................................................................ 2 4.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化 .................................................................. 2 4.2.5 CO吸附于Cu100表面H位 .................................................................................. 4 4.2.6 H吸附于Cu100表面H位 .................................................................................... 5 4.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位 ............................................................................... 6 4.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面 .............................................................................. 7 4.2.9 过渡态计算 ............................................................................................................. 8

第一章 Linux命令

1.1 常用命令

1.1.1 浏览目录

cd: 进入某个目录。如：cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录；cd / 根目录； ls: 显示目录下的文件。

注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全。 1.1.2 浏览文件

cat：显示文件内容。如：cat INCAR

如果文件较大，可用：cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件：cat A B > C (A和B的内容合并，A在前，B在后) 1.1.3 目录操作

mkdir：建立目录；rmdir：删除目录。 如：mkdir T-CH3-Rh111 1.1.4 文件操作

rm：删除文件；vi：编辑文件；cp：拷贝文件 mv：移动文件；pwd：显示当前路径。

如： rm INCAR rm a* (删除以a开头的所有文件) rm -rf abc (强制删除文件abc) tar：解压缩文件。压缩文件？？rar 1.1.5 系统信息

df：分区占用大小。如：df -h du：各级目录的大小。 top：运行的任务。 ps ax：查看详细任务。

kill：杀死任务。如：kill 12058 （杀死PID为12058的任务） 注：PID为top命令的第一列数字。

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