内容发布更新时间 : 2024/5/3 3:09:48星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。
图6：控制台窗口切换工作路径并启动ADT
3．准备receptor分子
PMV菜单： File → Read Molecule选择“hsg1.pdb“打开Receptor分子：
PMV菜单：Select → Select From String 打开Select From String对话框，在Residue框中输入HOH*，Atom框中输入*，点击Add选中所有水分子。最后，点击 Dismiss按钮关闭 Select From String对话框（图7）。
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图7：Select From String对话框及被选中的H2O分子（黄色“+“表示被选中的原子，没有H，
所以选中的都是O原子）
PMV菜单：Edit → Delete → Delete AtomSet删除已选择的水分子，点击弹出的警告窗口上的CONTINUE按钮删除。
PMV菜单：Edit → Hydrogens → Add 为Receptor分子加H（X射线衍射无法获H的坐标数据，图8）。
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图8：Add Hydrogens对话窗口
PMV菜单：File → Save → Write PDB保存修改过的receptor分子（图9）。
图9：Wirte PDB对话框。（注：Other write option选择Sort Nodes）
4．准备Ligand分子
PMV菜单：Display → Show/Hide Molecule 隐藏hsg1分子（图10）。
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图10：Show/Hide Molecule 对话框
ADT菜单中：Ligand → Input → Open ... 在弹出的对话框中将文件类型由PDBQT改为PDB，选择“ind.pdb”，打开Ligand分子（图11）。
图11：Ligand File for AutoDock 对话框
在打开Ligand分子时ADT会对该分子进行初始化，初始化包含一系列操作：
? ADT检测Ligand分子是否已经加了电荷，如果没有，则自动加上Gasteiger电荷。需要注意的是：如果要使Gasteiger计算正确，就必须将Ligand上的所有H加上，包括极性的以及非极性的。如果电荷全部为0，则ADT会试图加上电荷。同时还将检测每个残基上的总电荷是否为整数。 ? ADT检测并合并非极性的H。 ? ADT将Ligand中的每个原子指派为“AutoDock原子类型”，原子类型见前一部分。 以上初始化操作完成后，弹出summary for ind（图12）信息窗口，包含了以上操作的统计信息，点击OK关闭。
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图12：summary for ind信息窗口
ADT菜单：Ligand → Torsion Tree → Detect Root… ADT自动判定Ligand的Root； ADT菜单：Ligand → Torsion Tree → Show Root Expansion 显示Root扩展信息； ADT菜单：Ligand → Torsion Tree → Show/Hide Root Marker 显示/隐藏Root标记； ADT菜单：Ligand → Torsion Tree → Choose Torsions… 选择Ligand中可扭转的键，弹出Torsion Count对话框中点击Make all active bonds non-rotatable，Make all rotatable bonds rotatable以及Make all amide bonds rotatable，最后结果如下图（图13）所示：该Ligand分子32个键中共有14个被设置成可扭转的键（rotatable，绿色），点击Done确定并关闭此对话框。
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