内容发布更新时间 : 2024/12/23 21:53:17星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。
PyMOL用法（教程二）
基础Pymol命令
这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。 当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全： Pymol>log_openlog-file-name.pml 如果你想终止记录，只需要键入： Pymol>log_close
好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）： Pymol> load 2vlo.pdb
现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）： Pymol> load 2vlo.pdb, test
下面说说如何来操作你新建的对象。 首先：
Pymol> show representation Pymol> hide representation
其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。
使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。 例如当我们键入： Pymol> hide lines Pymol> show ribbon
我们将得到如下结果：
也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令： Pymol> label all, chains
这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”A－E组成，第二个则由F－J组成。
好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A－E或者F－J去掉即可：
Pymol> hide ribbon, chain f+g+h+i+j 上面的东东还可以这样完成：
Pymol> select test, chain f+g+h+i+j Pymol> hide ribbon, test
上面的第一句命令的作用是选择“链”F－J，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。 比如你可以：
Pymol> hide everything, test Pymol> show cartoon, test
这样你会得到：
说到这里就提到了Pymol的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：
Pymol> select selection-name, selection-expression
其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]组成，但是要避免使用：
! @ # $ % ^ & * ( ) ' \如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以： Pymol> delete selection-name Pymol> delete object-name
下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings － Colors中找到： Pymol> color color-name
Pymol> color color-name, selection-expression 比如我们可以：
Pymol> color red, ss h Pymol> color yellow, ss s Pymol> color green, ss l+\其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+\代表Loop和所以其他结构。
这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色；把所有的Beta sheet变成黄色；
把所有的Loop以及其他部分变成绿色，于是我们得到：
Pymol可以同时打开多个pdb文件： Pymol> load object-name-1.pdb Pymol> load object-name-2.pdb
如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样： Pymol> disable object-name-1 Pymol> enable object-name-1
你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。 Pymol> disable selection-name
使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。 放大选定目标：
Pymol> zoom selection-name
定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示：： Pymol> orient selection-name
你也可以用view命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式：
Pymol> view key, action
其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：store或者recall。如果不加任何“action”，则默认为recall： Pymol> view v1, store Pymol> view v1, recall Pymol> view v1
说了这么多，最后说说如何保存文件吧。Pymol有3个层面的保存方式，下面来分别说说。
1. 使用log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档： Pymol>log_openscript-file-name
这样以后当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面的所有命令： Pymol> @script-file-name
不过注意，如果你想记录当前视角，则必须使用get_view命令。 你可以选择外部GUI窗口中的File － Append/Resume/Close Log来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。 你可以随时编辑该文档。
在linux下，该文档的默认保存目录为当前用户的home目录。
2. 如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态，那么你可以选择外部GUI窗口里面的File － Save Session，创建一个会话文件（.pse）。 该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于，首先文档文件可以编辑，但会话文件不可以；记录文档文件前必须先运行log_open命令，而会话文件可以随时创建；最后文档文件以文档形式运行（@），而打开会话文件则必须选择外部GUI窗口中的File － Open。
什么时候需要创建会话文件呢？比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满意时只需要重新打开该会话文件即可。也就是说创建会话文件起到了“undo”的作用，这正是Pymol所缺少的。希望开发者能赶快加入该功能，那么这个会话文件好像就没什么大用了，呵呵。
3. 如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图片。在这之前你可以使用ray命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效： Pymol> ray
Pymol>pngyour_path/image_name