pymol使用教程 - 图文

内容发布更新时间 : 2025/7/3 16:08:01星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。

最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。

Pymol命令的语法与目标选择的表达

上次介绍一些Pymol的基本命令。现在来具体说说Pymol命令的语法,还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习Pymol来说是至关重要的。

从上次讲的一些例子中不难看出,Pymol的命令都是由关键词(keyword)加上一些变量(argument)组成,格式如下: Pymol> keyword argument

其中关键词(keyword)当然是必须的,而变量则不是必须的,比如退出命令quit就不需要附加变量: Pymol> quit

当然更多的命令通常是需要加变量的,比如放大命令zoom,但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行,这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量,下面两个命令的作用是一样的,其中的目标选择all就是zoom的默认变量: Pymol> zoom Pymol> zoom all

还有些命令可以带多个参数,比如加色命令color,它的用法如下: Pymol> color color-name

Pymol> color color-name, selection-expression

第一个color虽然只带一个变量\,但其实它包含了第二个默认变量all,所以它的作用是把整个结构变成\的颜色。 第二个color带两个变量,和第一个的区别就是把默认的目标选择变量all变成了\,也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成\定义的颜色。

要注意的是,如果一个命令带多个变量,则这些变量之间必须用逗号\隔开。

通过这个例子,大家可以发现,有些变量本身是很简单的,比如\,就是一个颜色名字而已,没什么复杂的。另一些则不一样,比如\,它可以很简单,也可以非常的复杂。这个东东,我称之为选择表达,对Pymol命令的使用非常重要,所以下面要详细的讲一下。

选择表达(selection-expression)表示的实际就是一些被选中的部分,它们可以是一些个原子,一些个Helix,一些个Beta sheet,或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字,以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母,数字以及下划线[_]组成,但是因避免使用下列符号:

! @ # $ % ^ & * ( ) ' \

选择表达由所谓的\加上\组成,其中\定义了某类属性,而\则在该类属性下需要被选择的部分。如下例:

Pymol> select test, name c+o+n+ca

其中\就是一个selector,它表示在pdb文件中描述的原子的名字;\则是对应的\,它表示我们要选择pdb文件中名字叫\的原子(ca代表alpha carbon,cb代表beta carbon)。整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为\,这样我们可以在后面继续使用它。 下表列出了大多数的selector:

Selector 简写 symbol Identifier及例子 chemical-symbol-list e. 周期表中的元素符号 Pymol> select polar, symbol o+n atom-name-list n. pdb文件中的原子名字 Pymol> select carbons, name ca+cb+cg+cd residue-name-list r. 氨基酸的名字 Pymol> select aas, resnasp+glu+asn+gln i. residue-identifier-list name resn resi pdb文件中基团的编号 Pymol> select mults10, resi 1+10+100 residue-identifier-range Pymol> select nterm, resi 1-1

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