内容发布更新时间 : 2024/12/23 21:51:07星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。
最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。
Pymol命令的语法与目标选择的表达
上次介绍一些Pymol的基本命令。现在来具体说说Pymol命令的语法，还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习Pymol来说是至关重要的。
从上次讲的一些例子中不难看出，Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下： Pymol> keyword argument
其中关键词（keyword）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如退出命令quit就不需要附加变量： Pymol> quit
当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目标选择all就是zoom的默认变量： Pymol> zoom Pymol> zoom all
还有些命令可以带多个参数，比如加色命令color，它的用法如下： Pymol> color color-name
Pymol> color color-name, selection-expression
第一个color虽然只带一个变量\，但其实它包含了第二个默认变量all，所以它的作用是把整个结构变成\的颜色。 第二个color带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变量all变成了\，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成\定义的颜色。
要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号\隔开。
通过这个例子，大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如\，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。另一些则不一样，比如\，它可以很简单，也可以非常的复杂。这个东东，我称之为选择表达，对Pymol命令的使用非常重要，所以下面要详细的讲一下。
选择表达（selection-expression）表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子，一些个Helix，一些个Beta sheet，或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线[_]组成，但是因避免使用下列符号：
! @ # $ % ^ & * ( ) ' \
选择表达由所谓的\加上\组成，其中\定义了某类属性，而\则在该类属性下需要被选择的部分。如下例：
Pymol> select test, name c+o+n+ca
其中\就是一个selector，它表示在pdb文件中描述的原子的名字；\则是对应的\，它表示我们要选择pdb文件中名字叫\的原子（ca代表alpha carbon，cb代表beta carbon）。整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为\，这样我们可以在后面继续使用它。 下表列出了大多数的selector：
Selector 简写 symbol Identifier及例子 chemical-symbol-list e. 周期表中的元素符号 Pymol> select polar, symbol o+n atom-name-list n. pdb文件中的原子名字 Pymol> select carbons, name ca+cb+cg+cd residue-name-list r. 氨基酸的名字 Pymol> select aas, resnasp+glu+asn+gln i. residue-identifier-list name resn resi pdb文件中基团的编号 Pymol> select mults10, resi 1+10+100 residue-identifier-range Pymol> select nterm, resi 1-10 alt alternate-conformation-identifier-list alt 一些单字母的列表，选择具有2种构型的氨基酸 Pymol> select altconf, alt a+b chain-identifier-list c. 一些单字母或数字的列表 Pymol> select firstch, chain a segment-identifier-list s. 一些字母（最多４位）的列表 Pymol> select ligand, segilig flag-nummer f. 一个整数（０－３１） Pymol> select f1, flag 0 chain segi flag type-nummer numeric_type nt. 一个整数 Pymol> select type1, nt. 5 text_type type-string tt. 一些字母（最多４位）的列表 Pymol> select subset, tt. HA+HC external-index-number id 一个整数 Pymol> select idno, id 23 internal-index-number idx. 一个整数 Pymol> select intid, index 23 secondary-structure-type ss 代表该类结构的单字母 Pymol> select allstrs, ssh+s+l+\id index ss 下表是另一些Selector，有关比较的：
Selector b 简写 b Identifier及例子 comparison-operator b-factor-value 一个实数，用来比较b-factor Pymol> select fuzzy, b > 12 comparison-operator occupancy-value 一个实数，用来比较occupancy Pymol> select lowcharges, q > 0.5 q q comparison-operator formal charge-value formal_charge fc. 一个整数，用来比较formal charge Pymol> select doubles, fc. = -1 comparison-operator partial charge-value partial_charge pc. 一个实数，用来比较partial charge Pymol> select hicharges, pc. > -1 另外有一些Selector是不需要Identifier的，它们被列在下表中：
Selector 简写 all none hydro * none 什么也不选 h. 所有当前被Pymol加载的氢原子 描述 所有当前被Pymol加载的原子 hetatm het 所有从蛋白质数据库HETATM记录中加载的原子 visible v. 所有在被“可见”的显示的对象中的原子 present pr. 所有的具有定义坐标的原子 在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名规则可以在下面的网址中找到：
http://www.wwpdb.org/docs.html
在选择表达中，selector还可以配合逻辑操作子（logical operator）使用，这样我们可以表达更加复杂的选择。这些操作子被列于下表中：
Operator not s1 s1 and s2 简写 ! s1 s1 & s2 效果与例子 选择原子但不包括s1中的 Pymol> select sidechains, ! bb 选择既在s1又在s2中的原子 Pymol> select far_bb, bb &farfrm_ten s1 or s2 选择s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和s2s1 | s2 原子） Pymol> select all_prot, bb | sidechain 选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi, s1 in s2 resn, chain, segi) 全部符合s2中对应的原子 Pymol> select same_atom, pept in prot s1 in s2 选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi)s1 like s2 s1 l. s2 符合s2中对应的原子 Pymol> select similar_atom, pept like prot