内容发布更新时间 : 2024/11/14 12:47:18星期一 下面是文章的全部内容请认真阅读。
(7) 点击Stop按钮停止记录。
使用Views保存视频
用户可以使用Overview window中的View面板组合视频帧，拖动这些帧进行排列，移除任何不需要的帧。
一当指定了视频的时间轴，我们建议使用Movie Options进行视频设置。 当用户准备好记录视频，选择Save As Movie命令。
记录QTVR视频
虽然Crystalmaker可以自动生成QTVR视频，但我们建议在开始前重新考虑晶体排列和图片设置。
设置VR记录
Quicktime VR就好比安装在垂直轴上的物体。这个轴可以进行旋转，就像一个平行移动的相机。垂直一定相机可以观察物体：
QTVR的物体视频记录了一系列的行。每一行对应一个固定的垂直VPan角，分为若干列。每一列对应不同的水平HPan角：
使用Quicktime VR Options对话框，用户可以定义许多行和列，包括HPan和VPan角的递增。
开始一个Quicktime VR视频
晶体最开始的位向定义了零度HPan和VPan角，并是随后VR记录的参考点。
记录QTVR视频：
(1) 点击QTVR selector按钮 ；
(2) 如果有必要，对压缩设置进行调整；
(3) 点击Record按钮开始记录，出现以下对话框：
(4) 设定一个角度范围(HPan和VPan角)和观察的视角数(rows 和columns)，然后点击OK； (5) 设定一个文件名和存储路径，点击Save按钮继续；
(6) Crystalmaker开始生成需要的视角图，记录会自动停止，如果有需要，可以点Stop按钮停止。
第十章 输入输出数据
本章介绍Crystalmaker支持的文件格式：包括内部格式(只能在Crystalmaker中使用)以及外部格式(可以在其他电脑程序中使用)。 输入输出选项
用户可以使用纯文本文件输入输出数据，这些处理各种文件格式的命令在File > Inport 和File > Export子菜单中。输入文件还可以用File > Open命令打开，或者把文件拖动到Crystalmaker程序中打开。
外部文件格式
本章第一部分介绍Crystalmaker支持的外部文件格式，如下表： 内部文件格式
Crystalmaker使用自己的二元文件格式来加速数据的输入和输出（实际上有两种格式：一种是晶体的，一种是分子的）。它还使用其他的文本文件：元素文件(列出了原子的位置坐标)，化学键文件。内部文件合适如下表：
在Crystalmaker中，用户可以查看文件扩展名，以此来决定文件是否能够打开，以及它的数据组成。
Crystalmaker中的文件扩展名如下：
我们推荐非Crystalmaker文本格式使用以下文件扩展名： 文件格式的自动识别
使用File > Open命令可以打开非Crystalmaker文本文件，如果它们的格式为Crystalmaker所支持。这就意味着用户可以通过拖动文件到Crystalmaker中，从而轻松的打开复杂的数据库文件。
当打开文本文件时，Crystalmaker会扫描它的内容，确定它的格式。如果文件的格式为Crystalmaker所识别，文件就会加载，会打开一个结构。
在少数情况下，格式自动识别会失效。这时，用户仍然可以通过File > Import菜单来打开文件。
自动化学键生成
如果文件为非Crystalmaker文件，程序会自动生成化学键。用户可以通过在File Import的选项中，去除Generate Bonds来关闭这个功能。
ATOMS是一个生成晶体结构图片的程序，有USA的Shape Sofrware出品。
ATOMS拥有一个随版本改变的专有文本格式。以下为ATOMS的两种不同的文本格式： ATOMS，version 5.0 ATOMS，version 4.9
Crystalmaker会从这些文件中读取结构数据，包括单胞参数、一般等效位置和非对称基元中的位置坐标。接下来，Crystalmaker会提取原子和化学键的颜色、半径以及多面体信息。 第一次显示时，程序会显示一个单胞；用户可以使用Transform > Set Range命令扩展原子范围，还可以编辑原子的颜色等。
CCL格式是一种灵活的格式，用于控制晶体结构最小二乘拟合。以下这个例子出生于Rutherford-Appleton实验室，用于种子粉末数据的Rietveld拟合。
这些文件拥有例子所表明的格式。一个字符卡片表明了数据。Crystalmaker读取“A”（原子）、“S”（对称性）和“C”（单胞参数）卡片。其他卡片会被忽略。
Chem3D是一种用在不同电脑系统中的分子模型包裹。它的Cartesian文件格式是一种基本的正交坐标格式。
这个文件的第一行是读取原子的总数。随后的行包含了元字符号、原子数和正交坐标。 Crystalmaker可以输入和输出这种文件格式。当输入Chem3D文件时，如果Transform > Generate Bonds at File Import进行了设置，Crystalmaker会自动生成化学键。 Chem3D文件
CSSR Output files
这些文件是由Daresbury 实验室的晶体学数据系统所生成。它们拥有一个非常简单的格式，
其包括了单胞常数、空间群符号、数据库信息以及非对称基元中的原子位置坐标。 CSSR
Crystalmaker的文本文件
Crystalmaker灵活的文本格式便于我们创建自己的晶体或分子。
用户可以使用文字处理器创建Crystalmaker文本文件，或者使用Crystalmaker把结构存储为文本文件(File > Export > Crystalmaker Text).
对于晶体，Crystalmaker需要以下信息： (1) 单胞参数；
(2) 化学键、原子类型信息，Atom卡片后面是原子符号、位置标注和非对称基元中原子位置坐标的列表。
晶体文件例子 (1) 简单输入
矿物尖晶石的结构数据如下：
文件开始为标题行和参考文献。接下来是单胞参数、空间群符号和化学键信息。原子范围也进行了定义，最后是非对称基元中的元素列表。
(2) 手动定义对称性
接下来这个例子介绍如何使用SYMM卡片定义一般等效位置，或空间群符号。注意我们没有包含晶体类型在里面。 (3) 输入温度因素
使用UISO,UANI和BANI控制卡片，可以输入各向同性或各向异性的温度因素。
UISO卡片用来定义各向同性温度因素。这个卡片出现在独立行里，随后是一个或多个数据行。每个数据行有以下两个值: 位置标注和Biso值。
UANI卡片用来定义各向异性温度因素，Uij。这个卡片出现在独立行里，随后是一个或多个数据行。每行有七个数据值：位置标注，然后是六个热椭球张量，顺序如下： U11U22U33U12U13U23
BANI卡片也是用来定义各向异性温度因素，Bij。这个卡片出现在独立行里，随后是一个或多个数据行。每行有七个数据值：位置标注，然后是六个热椭球张量，顺序如下： B11B22B33B12B13B23 例子如下： 输入分子数据
还可以应用Crystalmaker的文本格式到没有平移对称性的分子或晶体结构。使用MOLE 卡片来告诉Crystalmaker文件中包含分子数据。要记住输入所有位置的正交位置坐标。 对于分子结构，Crystalmaker需要以下信息： (1) MOLE标识卡；
(2) 化学键，原子类型选项表；
(3) ATOM卡片后是原子列表，每行一个。每行需要包括元素符号、位置标记和正交位置坐标。
分子文件例子
本例中显示了甘氨酸结构的输入。文件行后卡片的顺序是NOTE，BMAX，TYPE。 本文件还包含了评语行，每行开始为“！”或者“//”。
在Crystalmaker的Element Editor window中，我们可以输入原子半径和颜色的信息表。不同的结构保存为不同的文件会比较有用。
Crystalmaker的元素文件是有简单格式的文本文件： (1) NOTE选项显示关于数据的信息；
(2) ELMT卡片后是元素符号、半径和颜色的列表。
每行不超过80个字符。
文本文件可以包含评语，以“！”或“//”开始。
定义默认的元素半径
Crystalmaker中有许多不同的元素半径表。默认设置为Shannon&Prewitt的原子半径，用户可以创建或加载另外一个元素表来取代它。
为了确保最新使用的半径在下次还能使用，用户可以点击Element Editor的Save按钮进行保存。
用户可以使用File > Export > Coordinates命令来生成一个包含所有原子位置坐标的文本文件。
Web Page Output
Crystalmaker生成一个显示所有结构细节的网页。File > Export > Web Page命令可以生成一个HTML的纯文本文件，其中包含了JPEG格式的图片文件。用户可以使用任何web浏览器观看这个HTML文件。这是在网上发布晶体结构的理想方法。
Crystalmaker Binary Files
使用File > Save or Save as命令，可以保存结构的详细信息。结构会保存为二元文件，可以轻松打开。
CrystalMaker Bonds File
CrystalMaker可以生成关于结构中原子环境的详细信息，包括化学键搜索输出和化学键角度信息。这些数据以Bonds File的文件输出，这个文本文件可以在任何文本编辑器或文字处理器中读取。
化学键文件的格式概括如下：
Input Data 列出了单胞参数、空间群对称性以及观察方向，计算了单胞体积和密度。还列出了一般等效位置。
Coordinates 列出原子的分数和正交位置坐标，单位为埃。
Bond Distances 给出了非对称基元中原子离默认原子之间的键的距离 Bond Angles 给出了不同邻近组合之间的化学键角度
Bond Summary 如果结构中画出了化学键，一个键合原子表会给出。每一行中列出了中心键合原子，同时还有它的原子数以及键合的原子数。这在确定配位数和多面体时比较有用。
生成化学键文件：
(1) 选择file > Export > Bond Data;
（2） 设定文件名和存储路径，点击Save按钮继续。
设定最大化学键距离：
(1) 选择Transform > List Bonds; (2) 输入化学键的最大距离； (3) 点击Search 按钮继续；
(4) 选择File > Export > Bond Data，然后定义一个文件名和存储路径。