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为了与农村经济建设问题相配合，实行综合治理和改造，1932年开始在政治学者张纯明的带领下，南开大学社会经济研究委员会人员对河北、山东两省若干县区的地方政治和财政如赋税(以田赋为主)征收制度及其存在的弊病等进行了调查，以及河北省地方行政概况调查，静海县县政专题研究，定县县政专题研究等，刊行地方政治专刊两种，地方财政专刊八种，和论文三、四十篇，提出了一些改革赋税制度和地方财政及的建议；1936年又派员前往苏、浙、赣调查保甲制度，完成《现行保甲制度之探讨》报告；还进而通过对一些实验县县政的全面总结，提出从整体上改革农村税制的计划。
南开经济研究所在协进会的工作中，还负责培训地方财政、乡村合作、土地行政、地方行政等四个方面的人员，并在山东济宁和河北定县设立实验县，在抗日战争之前为当时山东政府训练乡村建设干部数百人，包括张金鑑主持的山东各县乡学校校长三百人。
此外在经济史理论方面，南开经济研究所还进行了中国经济史资料搜集和专题研究，这两方面互相联系，一般均写成专文发表。主要著作有华文煜著《宋代之荒政》，张纯明著《盐铁论之背景及其内容之分析》，袁贤能著《中国货币论考证》，王毓铨《王安石的改革政策》，朱庆永著《同治二年苏松二府减赋的原因及其经过》和《明末辽饷问题》等。
在何廉的领导下，经济研究所兼任研究及教学两种任务,本着实事求是的精神，运用实地调查和统计分析等方法，研究范围由城市扩大到农村，历十年寒暑，成绩斐然, 共计出版专门著作六十余种，内容涉及统计、工业经济、农业经济、地方财政、经济史、政治学和社会研究等方面，还编制了大量适合中国国情的教经济学教科书。
此外还有《经济周刊》、《政治经济学报》、《南开统计周刊》(英文版)、《中国经济月报》(英文版)等多种专业学术刊物。在这些刊物上除发表大量第一手的社会调查统计资料外，还刊登了本所研究人员写作的论文数百篇。当时中国的研究机构能用英文出版刊物和著作的可谓绝无仅有，外国人能阅读中文的毕竟十分有限，所以南开经济研究所用英文出版的四种刊物和十余种用英文和日文出版的图书，在西方国家产生了重大和广泛的影响。何廉和方显廷等人的不少著作是直接用英文写作出版的，所以在海外流传甚广，至今仍为西方学者研究旧中国经济的基本参考资料。
方显廷在他的回忆录中认为，到抗日战争爆发前，南开经济研究所在全中国的经济研究和研究生培养方面已居于领导和中心的地位，被公认为研究中国经济问题的权威机构，其研究成果在国内外有广泛的影响。
1936年夏，何廉到南京国民政府任行政院的政务处长，由方显廷代理南开经济研究所所长。
抗日战争爆发后，南开大学毁于炮火，研究所的大部分图书虽经抢救移存校外，但有一部分专题研究的稿本及大量正在或仍未进行整理分析的原始调查资料，由于尚未来得及迁运，完全损失,连续多年从未间断的指数编制工作亦不得
不暂告停顿。方显廷受命先期赴长沙安排经济研究所南迁事宜，其它研究所人员亦随后南下，从而结束了南开经济研究所在天津十年的光辉历程。
第二章 济世强邦 滋兰树蕙（1937-1948）
南开学校是以救国强邦为目标而建的。
张伯苓原为清朝北洋海军的见习军官，亲眼目睹甲午海战惨败后威海卫“国旗三易”的悲愤一幕，刻骨铭心，深感自强之道在于造就新人才，遂弃武从教，创办南开。
在历次反帝斗争中，南开总是爱国学生运动的中坚，1931年的“九·一八”东北沦陷以后华北成为国防前线，天津抗日运动澎湃，南开大学师生一直居于领导地位。对于日军的威胁，张伯苓校长和何廉也有所准备，很早就联
袂到江西、广西和四川等省各地进行考察，最终于1935年在校友捐资帮助下，选择在重庆近郊买了一块地设立南开的分校（南渝中学）。
在1937年7月7日日本帝国主义发动侵华战争以后，南开大学首先遭到敌寇的轰炸破坏，三分之二的校舍被毁，所幸经济研究所的全部图书及主要设备业经预先移存在市区安全地点，以后得以随同南开大学南迁。
抗日战争期间，国民政府迁都重庆,南开与清华、北大三校合并，先在长沙成立临时大学，接着于1938年转迁昆明，改称西南联合大学。联合大学设有文学院、理学院、工学院和法商学院（后增设师范学院），其中法商学院由经济研究所的陈序经教
授担任院长，下设政治学系、经济学系、法律学系和商学系。
此时何廉已转任经济部次长，兼任农本局总经理和农产调整委员会主任的职务，在后方取得了一定的成绩。方显廷等到长沙后，由于三校合组的长沙临时大学的开学时间尚不能决定，乃应何廉的要求，带领南开经济研究所的一部分研究人员赴南京，参加农产调整委员会的工作。直到日军迫近南京，方显廷等又根据何廉的安排，去贵州省贵阳市负责在该省定番（后改名惠水）县开辟的农村实验县工作。华北农村建设协进会也迁到贵州，名字中除去“华北”二字，改为农村建设协进会，由方显廷主持，地址设在贵阳飞山庙，工作的中心也由以前的研究转向推广。
1939年夏，由于日军轰炸，实验县的工作无法继续，此时南开经济研究所也拟于重庆恢复研究生培养和调查研究工作，何廉乃邀请方显廷来重庆主持南开经济研究所的事务，所址设在沙坪坝的南渝中学内，同时在昆明仍设有经济研究所的办事处。
截至1936年底止，经研所自设的图书馆，共计存书二万零四百卷，其中属于经济者约一万五千卷；属于其它社会科学者约五千四百卷。以文字分，则中文四百二十种，西文二百一十七种。及至战事发生，天津沦陷，在运经海防转往昆明的过程中，由于日军侵占越南，其中一部分原存放在海防码头仓库尚未运输的图书（其中包括成套的中国海关报告册以及好几套西文期刊在内），都被日军运往东京，直到日本战败后，才经交涉送回天津；大部分图书则辗转由天津而香港，于1940年秋经由昆明运抵重庆。经济研究所迁入重庆后，图书馆设在附近的汪山，中西文书籍杂志续有添置，计西文增加一千四百三十二种，中文增加二千六百七十九种。
原研究所的陈序经、李卓敏、丁佶、鲍觉民等教师均留在联大任教，张纯明等因参与政府行政工作而成为兼职教授，留在所内工作的主要是吴大业、陈振汉、叶谦吉、刘君煌、黄肇兴等人，后来又陆续增加了勇龙桂、潘玉璞、杨叔进、桑恒康、宋侠、滕维藻、汪祥春等留校的研究生。1937年暑假时，经济研究所全部教师和研究人员共有三十二人，其中教授、副教授有十人、讲师九人、教员五人和八名专职研究助理人员，另有行政事务人员约二十人，由何廉兼任所长，方显廷任研究主任。
当时的经济研究所：“设所长一人，总理一切所务。研究部分设研究主任一