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序列间遗传距离的计算

 

1. 

导入比对好的?/p>

*.meg

”格式数据?/p>

 

2. 

数据划分

 

?/p>

1

)序列数据的基因和域?/p>

genes & domains

)的指定和选择

 

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MEGA

中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常?/p>

可全长用于分析,

但对于蛋白质编码基因序列来说?/p>

序列的第一位并非总是密码子的第一位,

此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开?/p>

(要先通过

Spin

翻译确定?/p>

?/p>

否则软件

会将序列的第一位默认为密码子的第一位?/p>

具体的操作是?/p>

点击

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Dat

a

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Setup/Select 

Genes 

& Domains

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(在主窗口和数据管理窗口均可进行此设置)

,在弹出的?/p>

Genes/Domain 

Organization

”小窗口中进行设置;

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From

”选项用于设置分析的起始位点,

?/p>

To

”用于设?/p>

分析的终止位点(设置完成后会?/p>

#Site

项显示出选定范围内的位点总数?/p>

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Codon 

Start

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用于设置密码?/p>

(开放阅读框?/p>

从序列的第几位碱基开始读?/p>

(如密码子从序列的第一位碱

基开始读则设置为?/p>

1st 

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,依此类推)

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Codi

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”用于选择是否启动蛋白质翻译功能,

该项未选时(如右图?/p>

MEGA

将无法将蛋白质编码基因序列翻译成蛋白质序列,数据管理

窗口中的

按钮将呈灰色显示

而失去功能?/p>

 

 

 

 

 

 

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2

)分类单元的分组及选择

 

MEGA

可对数据集中指定的分类单元进行分析。为了使选择更加方便,通常可对数据

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中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常?/p>

可全长用于分析,

但对于蛋白质编码基因序列来说?/p>

序列的第一位并非总是密码子的第一位,

此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开?/p>

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可对数据集中指定的分类单元进行分析。为了使选择更加方便,通常可对数据

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中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常?/p>

可全长用于分析,

但对于蛋白质编码基因序列来说?/p>

序列的第一位并非总是密码子的第一位,

此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开?/p>

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)分类单元的分组及选择

 

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MEGA计算序列间遗传距?- 百度文库
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数据划分

 

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)序列数据的基因和域?/p>

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中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常?/p>

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此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开?/p>

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会将序列的第一位默认为密码子的第一位?/p>

具体的操作是?/p>

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(在主窗口和数据管理窗口均可进行此设置)

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)分类单元的分组及选择

 

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可对数据集中指定的分类单元进行分析。为了使选择更加方便,通常可对数据



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