序列间遗传距离的计算
1.
导入比对好的?/p>
*.meg
”格式数据?/p>
2.
数据划分
?/p>
1
)序列数据的基因和域?/p>
genes & domains
)的指定和选择
?/p>
MEGA
中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常?/p>
可全长用于分析,
但对于蛋白质编码基因序列来说?/p>
序列的第一位并非总是密码子的第一位,
此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开?/p>
(要先通过
Spin
翻译确定?/p>
?/p>
否则软件
会将序列的第一位默认为密码子的第一位?/p>
具体的操作是?/p>
点击
?/p>
Dat
a
?/p>
Setup/Select
Genes
& Domains
?/p>
(在主窗口和数据管理窗口均可进行此设置)
,在弹出的?/p>
Genes/Domain
Organization
”小窗口中进行设置;
?/p>
From
”选项用于设置分析的起始位点,
?/p>
To
”用于设?/p>
分析的终止位点(设置完成后会?/p>
#Site
项显示出选定范围内的位点总数?/p>
?/p>
?/p>
Codon
Start
?/p>
用于设置密码?/p>
(开放阅读框?/p>
从序列的第几位碱基开始读?/p>
(如密码子从序列的第一位碱
基开始读则设置为?/p>
1st
site
?/p>
,依此类推)
?/p>
?/p>
Codi
?/p>
”用于选择是否启动蛋白质翻译功能,
该项未选时(如右图?/p>
MEGA
将无法将蛋白质编码基因序列翻译成蛋白质序列,数据管理
窗口中的
按钮将呈灰色显示
而失去功能?/p>
?/p>
2
)分类单元的分组及选择
MEGA
可对数据集中指定的分类单元进行分析。为了使选择更加方便,通常可对数据